کنتراندیکاسیون های عمده ای برای این شیوه تصویربرداری ذکر نشده است. با این حال، در بیماران با سابقه حساسیت به ماده حاجب یا نقص کارکرد کلیوی، انجام CT اسکن با ماده حاجب توصیه نمی شود. نکته قابل توجه این است که CT اسکنی که همزمان با PET انجام می شود، عمدتاً بدون ماده حاجب و تنها جهت Attenuation Correction و جانمائی تشریحی (Anatomic Localization) ضایعات مشکوک می باشد (AC/AL)
